Teljes genomszekvenálás Marfan-szindr.-s családnál

„Teljes genomszekvenálás soktagú Marfan-szindrómás családnál, RRF-2.3.1-21-2022-00003 azonosítószámú, »Nemzeti Kardiovaszkuláris Laboratórium« tárgyú projekt” I. Nyertes Ajánlattevő feladata soktagú Marfan-szindrómás család tagjainak teljes genomszekvenálása, a fenotípus súlyosságát befolyásoló genetikai háttér azonosítására. 30 db vérminta teljes genomszekvenálása 30x-s lefedettséggel, továbbá a nyers adatok bioinformatikai elemzése. Elvégzendő szekvenálási feladatok: -A beérkező vérmintákból nukleinsav izolálása, …

CPV: 85145000 Services provided by medical laboratories, 85110000 Hospital and related services, 85111000 Hospital services
Place of execution:
Teljes genomszekvenálás Marfan-szindr.-s családnál
Awarding body:
Semmelweis Egyetem
Award number:
EKR000623742024

1. Vevő

1.1 Vevő

Hivatalos név : Semmelweis Egyetem
Az ajánlatkérő szervezet jogi típusa : Közjogi intézmény
Az ajánlatkérő szerv tevékenysége : Oktatás

2. Eljárás

2.1 Eljárás

Cím : Teljes genomszekvenálás Marfan-szindr.-s családnál
Leírás : „Teljes genomszekvenálás soktagú Marfan-szindrómás családnál, RRF-2.3.1-21-2022-00003 azonosítószámú, »Nemzeti Kardiovaszkuláris Laboratórium« tárgyú projekt” I. Nyertes Ajánlattevő feladata soktagú Marfan-szindrómás család tagjainak teljes genomszekvenálása, a fenotípus súlyosságát befolyásoló genetikai háttér azonosítására. 30 db vérminta teljes genomszekvenálása 30x-s lefedettséggel, továbbá a nyers adatok bioinformatikai elemzése. Elvégzendő szekvenálási feladatok: -A beérkező vérmintákból nukleinsav izolálása, a DNS minták minőségi ellenőrzése - A DNS mintákból könyvtárak készítése, a könyvtárak minőségi ellenőrzése - Szekvenálás 2x150 bp leolvasással, mintánként legalább 30X lefedettséggel Bioinformatikai feladatok: -Minták demultiplexálása - Minőségi szűrés és QC - Szűrt adatok térképezése - Térképezési QC - Bázis minőségi érték újra kalibráció - Variánsok (SNPk és rövid INDELek) azonosítása - Variánsok genotipizálása és minőségi szűrése - Variánsok funkcionális annotálása - Variánsok adatbázis annotálása - Nyers FASTQ fájlok, köztes adatok (BAM, QC riportok) és VCF fájlok megosztása a Ajánlatkérővel (Megrendelővel). A szerződés keretösszege nettó 12.652.878,- Ft. Ajánlatkérő a keretösszeg 70 %-ára vállal lehívási kötelezettséget. Ajánlatkérő felhívja a figyelmet arra, hogy a teljesítéshez szükséges informatikai és műszaki infrastruktúra biztosítása Nyertes ajánlattevő feladatát képezi az alábbiak szerint: - szekvenálási technológia, - teljes genom szekvenálási képesség - leolvasási hossz: 2x150 bázispár, - átlagos lefedettség: mintánként legalább 30X, - nyers FASTQ fájlok, köztes adatok (BAM, QC riportok) és VCF fájlok kezelése és megosztása Részletesen a közbeszerzési dokumentumok részét képező Közbeszerzési műszaki leírásban foglaltak szerint. II. Az értékelés módszere: Ajánlatkérő az ajánlatokat a Kbt. 76. § (2) bekezdés c) pontja szerint a legjobb ár-érték arány szempontja alapján bírálja el. Az értékelés módszere az „ár” értékelési részszempont esetében a fordított arányosítás, a minőségi kritérium esetében a pontkiosztás. Ajánlatkérő a „Genomszekvenálás és bioinformatikai analízis nettó egységára (HUF/db)” értékelési részszempont alatt 1 db vérminta teljes genomszekvenálásával és bioinformatikai elemzésével kapcsolatos valamennyi feladat költségét érti. Az értékelés során adható pontszám alsó és felső határa: 0–10 pont. Pontkiosztás esetén adható válaszok: „igen” vagy „nem”. „Igen” válasz esetén a pontkiosztás módszere szerint 10 pont,„nem” válasz esetén 0 pont. Minőségi értékelési szemponttal kapcsolatos információk (részletek: Közbeszerzési dokumentumok, IV. Fejezet, 4. pont.)
Eljárásazonosító : fb567a39-dc47-4236-bb4c-f6ca8a86dc11
Előző hirdetmény : 466534-2024
Belső azonosító : EKR000623742024
Az eljárás típusa : Nyitott
Az eljárás gyorsított : nem
A gyorsított eljárás indoklása :
Az eljárás legfontosabb jellemzői :

2.1.1 Cél

A szerződés jellege : Szolgáltatások
Fő osztályozás ( cpv ): 85145000 Egészségügyi laboratórium által nyújtott szolgáltatások

2.1.4 Általános információk

További információk : A közbeszerzési eljárás eredménytelen a Kbt. 75. § (1) bekezdés b) pontja alapján, mivel kizárólag érvénytelen ajánlatot nyújtottak be.
Jogalap :
2014/24/EU irányelv

5. Rész

5.1 Technikai azonosító a tételhez : LOT-0001

Cím : Teljes genomszekvenálás
Leírás : I. Nyertes Ajánlattevő feladata soktagú Marfan-szindrómás család tagjainak teljes genomszekvenálása, a fenotípus súlyosságát befolyásoló genetikai háttér azonosítására. 30 db vérminta teljes genomszekvenálása 30x-s lefedettséggel, továbbá a nyers adatok bioinformatikai elemzése. Elvégzendő szekvenálási feladatok: -A beérkező vérmintákból nukleinsav izolálása, a DNS minták minőségi ellenőrzése - A DNS mintákból könyvtárak készítése, a könyvtárak minőségi ellenőrzése - Szekvenálás 2x150 bp leolvasással, mintánként legalább 30X lefedettséggel Bioinformatikai feladatok: -Minták demultiplexálása - Minőségi szűrés és QC - Szűrt adatok térképezése - Térképezési QC - Bázis minőségi érték újra kalibráció - Variánsok (SNPk és rövid INDELek) azonosítása - Variánsok genotipizálása és minőségi szűrése - Variánsok funkcionális annotálása - Variánsok adatbázis annotálása - Nyers FASTQ fájlok, köztes adatok (BAM, QC riportok) és VCF fájlok megosztása a Ajánlatkérővel (Megrendelővel). A szerződés keretösszege nettó 12.652.878,- Ft. Ajánlatkérő a keretösszeg 70 %-ára vállal lehívási kötelezettséget. Ajánlatkérő felhívja a figyelmet arra, hogy a teljesítéshez szükséges informatikai és műszaki infrastruktúra biztosítása Nyertes ajánlattevő feladatát képezi az alábbiak szerint: - szekvenálási technológia, - teljes genom szekvenálási képesség - leolvasási hossz: 2x150 bázispár, - átlagos lefedettség: mintánként legalább 30X, - - nyers FASTQ fájlok, köztes adatok (BAM, QC riportok) és VCF fájlok kezelése és megosztása , Részletesen a közbeszerzési dokumentumok részét képező Közbeszerzési műszaki leírásban foglaltak szerint. II. Az értékelés módszere: Ajánlatkérő az ajánlatokat a Kbt. 76. § (2) bekezdés c) pontja szerint a legjobb ár-érték arány szempontja alapján bírálja el. Az értékelés módszere az „ár” értékelési részszempont esetében a fordított arányosítás, a minőségi kritérium esetében a pontkiosztás. Ajánlatkérő a „Genomszekvenálás és bioinformatikai analízis nettó egységára (HUF/db)” értékelési részszempont alatt 1 db vérminta teljes genomszekvenálásával és bioinformatikai elemzésével kapcsolatos valamennyi feladat költségét érti. Az értékelés során adható pontszám alsó és felső határa: 0–10 pont. Pontkiosztás esetén adható válaszok: „igen” vagy „nem”. „Igen” válasz esetén a pontkiosztás módszere szerint 10 pont, „nem” válasz esetén 0 pont. Minőségi értékelési szemponttal kapcsolatos információk (részletek: Közbeszerzési dokumentumok, IV. Fejezet, 4. pont.)
Belső azonosító : EKR000623742024/1

5.1.1 Cél

A szerződés jellege : Szolgáltatások
Fő osztályozás ( cpv ): 85145000 Egészségügyi laboratórium által nyújtott szolgáltatások
További osztályozás ( cpv ): 85110000 Kórházi és kapcsolódó szolgáltatások
További osztályozás ( cpv ): 85111000 Kórházi szolgáltatások

5.1.2 A teljesítés helye

Postacím : Városmajor utca 68.
Város : Budapest
Irányítószám : 1022
Ország alegysége (NUTS) : Budapest ( HU110 )
Ország : Magyarország
További információk : Semmelweis Egyetem Városmajori Szív- és Érgyógyászati Klinika

5.1.3 Becsült időtartam

Kezdő időpont : 01/07/2024
Időtartam befejezésének dátuma : 28/02/2026

5.1.6 Általános információk

Részben vagy egészben uniós forrásokból finanszírozott közbeszerzési projekt
A közbeszerzésre a kormányzati közbeszerzés megállapodás alkalmazandó : igen
További információk : 1. Ajánlatkérő nem követeli meg és nem teszi lehetővé projekttársaság létrehozását, illetve nem teszi lehetővé többváltozatú (alternatív) ajánlat benyújtását. 2. Ajánlatkérő tárgyi eljárás előkészítése során előzetes piaci konzultációt folytatott le (EKR000576002024). Ajánlatkérő tárgyi eljárás során nem alkalmazza a Kbt. 75. § (2) bekezdés e) pontja szerinti eredménytelenségi ok lehetőségét. 3. Ajánlatkérő felhívja a figyelmet arra, hogy a felhívásban rögzített szerződés kezdő dátuma csak tájékoztató jellegű, az változhat az eljárás lefolytatásának időigényére tekintettel. A Szerződés a Felek általi kölcsönös aláírás napján lép hatályba. A szerződés hatálya 2026.02.28-ig vagy jelen felhívásban rögzített keretösszeg kimerüléséig tart. 4. Ellenőrzés módja: a 2014–2020 programozási időszakban az egyes európai uniós alapokból származó támogatások felhasználásának rendjéről szóló 272/2014. (XI.5.) Korm. rendelet szerinti folyamatba épített ellenőrzés. 5. Ajánlatkérő nem biztosítja a részekre történő ajánlattételt, tekintettel arra, hogy a szerződés tárgya egyetlen műszaki egységet képező, további egységekre nem bontható szolgáltatás. A genomszekvenálás végzése nem elválasztható a bioinformatikai analízistől, mert a bioinformatikai analízis minősége nem garantálható olyan adatokból, amelyeket nem az állított elő, aki azoknak a genomszekvenálását végzi.

5.1.7 Stratégiai közbeszerzés

5.1.10 Odaítélési szempontok

Kritérium :
Típus : Minőség
Megnevezés :
Leírás : Ajánlattevő alkalmaz vagy szakértőként foglalkoztat olyan szakembert, aki részt vett befejezett tudományos projektben és/vagy szerzője tudományos publikációnak genomszekvenálás és/vagy bioinformatikai analízis témában (igen/nem)
Súlyozás (pontok, pontos) : 10
Kritérium :
Típus : Ár
Megnevezés :
Leírás : Genomszekvenálás és bioinformatikai analízis nettó egységára (HUF/db)
Súlyozás (pontok, pontos) : 90
Az alkalmazandó módszer ismertetése, ha a súlyozás kritériumokkal nem fejezhető ki :
Annak indoklása, hogy az odaítélési szempontok súlyozását miért nem tüntették fel :

5.1.12 A közbeszerzésre irányadó feltételek

A felülvizsgálati határidőkre vonatkozó információk : A jogorvoslati kérelmek benyújtásának határidejére vonatkozó pontos információkat a Kbt. 148. § (3)-(9) bekezdéseiben foglalt előírások tartalmazzák.

5.1.15 Sajátos beszerzési módszerek

Keretmegállapodás :
Nincs keretmegállapodás
A dinamikus beszerzési rendszerre vonatkozó információk :
Nem dinamikus beszerzési rendszer

5.1.16 További információk, közvetítés és felülvizsgálat

Felülvizsgálati szervezet : Közbeszerzési Hatóság Közbeszerzési Döntőbizottság
A közbeszerzési eljárással kapcsolatban további információt nyújtó szervezet : Semmelweis Egyetem
A felülvizsgálati eljárásokról további információkat nyújtó szervezet : Közbeszerzési Hatóság Közbeszerzési Döntőbizottság
TED eSender : Közbeszerzési Hatóság

6. Eredmények

6.1 Eredmény – részazonosító : LOT-0001

A győztes nem került kiválasztásra, a verseny lezárult.
Annak oka, hogy miért nem választották ki a nyertest : Valamennyi beérkezett ajánlatot, részvételi jelentkezést vagy projektet visszavonták vagy elfogadhatatlannak találták

6.1.3 Nem nyertes ajánlattevők :

Ajánlattevő :
Hivatalos név : Novogene (UK) Company Limited
Ajánlattevő :
Hivatalos név : Edinburgh Genetics Limited

6.1.4 Statisztikai információk

Az ajánlatkérő szervezethez beérkezett felülvizsgálati kérelmek összefoglalása :
A panaszosok száma : 0
Beérkezett ajánlatok vagy részvételi jelentkezések :
A benyújtott beadványok típusa : Részvételi jelentkezések
A beérkezett ajánlatok vagy részvételi jelentkezések száma : 0
A benyújtott beadványok típusa : Ajánlatok
A beérkezett ajánlatok vagy részvételi jelentkezések száma : 2
A benyújtott beadványok típusa : Elektronikusan benyújtott ajánlatok
A beérkezett ajánlatok vagy részvételi jelentkezések száma : 2
A benyújtott beadványok típusa : Mikrovállalkozások ajánlatai
A beérkezett ajánlatok vagy részvételi jelentkezések száma : 0
A benyújtott beadványok típusa : Kisvállalkozások ajánlatai
A beérkezett ajánlatok vagy részvételi jelentkezések száma : 1
A benyújtott beadványok típusa : Középvállalkozások ajánlatai
A beérkezett ajánlatok vagy részvételi jelentkezések száma : 1
A benyújtott beadványok típusa : Mikro-, kis- vagy középvállalkozások ajánlatai
A beérkezett ajánlatok vagy részvételi jelentkezések száma : 2
A benyújtott beadványok típusa : A vevőétől eltérő EGT-országban bejegyzett ajánlattevők ajánlatai
A beérkezett ajánlatok vagy részvételi jelentkezések száma : 0
A benyújtott beadványok típusa : Az EGT-n kívüli országokban bejegyzett ajánlattevők ajánlatai
A beérkezett ajánlatok vagy részvételi jelentkezések száma : 2
A benyújtott beadványok típusa : Ellenőrzött és nem elfogadható ajánlatok
A beérkezett ajánlatok vagy részvételi jelentkezések száma : 2
A benyújtott beadványok típusa : Ellenőrzött és nem elfogadható ajánlatok az abnormálisan alacsony ár vagy költség miatt
A beérkezett ajánlatok vagy részvételi jelentkezések száma : 1
A benyújtott beadványok típusa : Olyan ajánlatok, amelyekkel kapcsolatban még nem ellenőrizték, hogy elfogadhatók-e vagy nem
A beérkezett ajánlatok vagy részvételi jelentkezések száma : 0

8. Szervezetek

8.1 ORG-0001

Hivatalos név : Semmelweis Egyetem
Regisztrációs szám : 19308674244
Postacím : Üllői Út 26.
Város : Budapest
Irányítószám : 1085
Ország alegysége (NUTS) : Budapest ( HU110 )
Ország : Magyarország
Kapcsolattartó pont : Bujáki Márton
Telefonszám : +36 12109610
Internetcím : http://semmelweis.hu
E szervezet szerepei :
Vevő
A közbeszerzési eljárással kapcsolatban további információt nyújtó szervezet

8.1 ORG-0003

Hivatalos név : Novogene (UK) Company Limited
Regisztrációs szám : GB273975163
Postacím : 25 Cambridge Science Park, Milton Road 2nd Floor, Bio-Innovation Centre
Város : Cambridge
Irányítószám : CB4 0FW
Ország alegysége (NUTS) : Cambridgeshire CC ( UKH12 )
Ország : Egyesült Királyság
Telefonszám : +36 702144170
E szervezet szerepei :
Ajánlattevő

8.1 ORG-0004

Hivatalos név : Edinburgh Genetics Limited
Regisztrációs szám : XI339658161
Postacím : Bush Loan Pentlands Science Park United Kingdom
Város : Penicuik
Irányítószám : EH26 0PZ
Ország alegysége (NUTS) : East Lothian and Midlothian ( UKM73 )
Ország : Egyesült Királyság
Telefonszám : +44 1312616686
E szervezet szerepei :
Ajánlattevő

8.1 ORG-0005

Hivatalos név : Közbeszerzési Hatóság Közbeszerzési Döntőbizottság
Regisztrációs szám : 15329190-2-41
Postacím : Riadó u. 5
Város : Budapest
Irányítószám : 1026
Ország alegysége (NUTS) : Budapest ( HU110 )
Ország : Magyarország
Telefonszám : +36 18828592
Fax : +36 18828593
E szervezet szerepei :
Felülvizsgálati szervezet
A felülvizsgálati eljárásokról további információkat nyújtó szervezet

8.1 ORG-0002

Hivatalos név : Közbeszerzési Hatóság
Regisztrációs szám : EKRSZ_40664534
Postacím : Riadó utca 5.
Város : Budapest
Irányítószám : 1026
Ország alegysége (NUTS) : Budapest ( HU110 )
Ország : Magyarország
E-mail-cím : hirdetmeny@kt.hu
Telefonszám : +36 18828635
E szervezet szerepei :
TED eSender

11. A hirdetményre vonatkozó információk

11.1 A hirdetményre vonatkozó információk

A hirdetmény azonosítója/verziója : 491a64cb-8f50-4c21-9c44-efe430598986 - 02
Hirdetményminta típusa : Eredmény
A hirdetmény típusa : Tájékoztató az eljárás eredményéről vagy koncesszió odaítéléséről – klasszikus ajánlatkérőkre vonatkozó szabályok
A hirdetmény megküldésének dátuma : 07/11/2024 13:12 +01:00
Hirdetmény megküldésének dátuma (az eSender rendszerben) : 05/11/2024 11:50 +01:00
Azok a nyelvek, amelyeken ez a hirdetmény hivatalosan elérhető : magyar

11.2 A közzétételre vonatkozó információk

A hirdetmény közzétételi száma : 00681118-2024
HL S kiadás száma : 218/2024
A közzététel dátuma : 08/11/2024