Gebruiksklare oplevering en onderhoud van één NextSeq1000 systeem

Koper op initiatief van de Rijkskinkoopcategrie Laboratorium, namens meerdere Rijkslaboratoria ("Deelnemende aanbestedende diensten") een gemotiveerde, onderhandse gunning laten uitvoeren door het IUC-RIVM. Koper handelt namens de Nederlands Forensisch Instituut (NFI). Aanleiding en achtergronden van de inkoopbehoefte: Massively Parallel Sequencing (MPS) wordt al enkele jaren succesvol toegepast voor alle mitochondriële DNA …

CPV: 38400000 Instruments for checking physical characteristics, 50400000 Repair and maintenance services of medical and precision equipment
Place of execution:
Gebruiksklare oplevering en onderhoud van één NextSeq1000 systeem
Awarding body:
Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM)
Award number:
1442

1. Koper

1.1 Koper

Officiële naam : Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM)

2. Procedure

2.1 Procedure

Titel : Gebruiksklare oplevering en onderhoud van één NextSeq1000 systeem
Beschrijving : Koper op initiatief van de Rijkskinkoopcategrie Laboratorium, namens meerdere Rijkslaboratoria ("Deelnemende aanbestedende diensten") een gemotiveerde, onderhandse gunning laten uitvoeren door het IUC-RIVM. Koper handelt namens de Nederlands Forensisch Instituut (NFI). Aanleiding en achtergronden van de inkoopbehoefte: Massively Parallel Sequencing (MPS) wordt al enkele jaren succesvol toegepast voor alle mitochondriële DNA analyses1, maar ook voor onderzoek naar biogeografische herkomst en voor STR sequencing2 van vooral laag geconcentreerde, gedegradeerde en gemengde DNA samples. Dit gebeurt met behulp van twee Illumina MiSeq FGx MPS systemen. Deze onderzoeken worden vooral toegepast wanneer de methoden van de standaard (CE gebaseerde) DNA profielen niet toereikend zijn om een forensische vraagstelling te beantwoorden. Recent zijn er ook nieuwe onderzoeken van het volledige humane DNA uitgevoerd voor het onderscheiden van ééneiige tweelingen en voorbereiding van zoekingen in Genealogische databanken. Deze analyses zijn uitgevoerd in samenwerking met GenomeScan omdat het huidige systeem (de MiSeq FGx) niet de capaciteit heeft voor deze analyses van het volledige humane DNA. Het is de ambitie van het NFI om deze onderzoeken zelf te kunnen uitvoeren. Het aan te schaffen additionele systeem zal resultaten moeten opleveren die vergelijkbaar zijn met de onderzoeken die zijn uitgevoerd in samenwerking met GenomeScan, zodat deze met elkaar vergeleken kunnen worden (database). De verwachting is dat het aantal monsters dat geanalyseerd moet worden in de komende jaren alleen maar zal stijgen, aangezien de aanvragen ook alleen maar stijgen. Het is daardoor moeilijk te voorspellen om hoeveel monsters het uiteindelijk op jaarbasis zal gaan. Scope van de opdracht: Er is sprake van een opdracht tot de gebruiksklare oplevering van één NextSeq1000 systeem voor het Research laboratorium. Momenteel is er op de middellange termijn (1-2) jaar geen behoefte aan vergelijkbare apparaten, hier is dus voor onderhavig traject ook geen rekening mee gehouden. Het doel van het inkooptraject is om een opdracht te verstrekken waarbij er sprake is van een gebruiksklare oplevering en het benodigde onderhoud gedurende de levensduur van 10 jaar (Silver onderhoudscontract). Biologische reagentia vallen niet onder de scope. Het de bedoeling dat deze meegenomen worden in de Biologicals aanbesteding zoals dat nu ook het geval is voor de sequencing kits die gebruikt worden voor de MiSeq systemen waarmee gewerkt wordt. De hoogste kosten zitten in de kits ter voorbereiding van de samples die nu al in de biologicals aanbesteding zijn meegenomen.
Identificatiecode van de procedure : 39f12ca8-d7af-4dc6-a31c-4889630fd367
Interne identificatiecode : 1442
Type procedure : Onderhandelingsprocedure zonder voorafgaande oproep tot mededinging

2.1.1 Doel

Aard van het contract : Leveringen
Aanvullende aard van het contract : Diensten
Belangrijkste classificatie ( cpv ): 38400000 Instrumenten voor het controleren van fysische eigenschappen
Aanvullende classificatie ( cpv ): 50400000 Reparatie en onderhoud van medische en precisie-uitrusting

2.1.2 Plaats van uitvoering

Onderverdeling land (NUTS) : Agglomeratie ’s-Gravenhage ( NL332 )
Land : Nederland
Aanvullende informatie : Zie documentatie

2.1.4 Algemene informatie

Aanvullende informatie : Indien een ondernemer zich tegen de voorgenomen onderhandse gunning en contractering met Illumina Netherlands B.V. wenst te verzetten, dient hij een kortgedingprocedure bij de rechtbank te ’s-Gravenhage aanhangig te maken binnen 20 kalenderdagen na publicatie van deze ex ante aankondiging op straffe van verval van recht de geldigheid en/of uitvoering van deze voorgenomen overeenkomst aan te tasten. Als binnen bovengenoemde termijn, ook wel opschortende termijn genoemd, een kort geding aanhangig is gemaakt, hetgeen moet blijken uit toezending van een kopie van het exploot van dagvaarding, zal de Aanbestedende dienst niet tot gunning en contractering van de opdracht overgaan voordat in kort geding vonnis is gewezen. Bovengenoemde termijn van twintig kalenderdagen is een vervaltermijn. Na het verstrijken van deze termijn kan er geen vernietiging meer worden gevorderd door een ondernemer.
Rechtsgrondslag :
Richtlijn 2014/24/EU

5. Perceel

5.1 Technische ID van het kavel : LOT-0000

Titel : Gebruiksklare oplevering en onderhoud van één NextSeq1000 systeem
Beschrijving : Koper op initiatief van de Rijkskinkoopcategrie Laboratorium, namens meerdere Rijkslaboratoria ("Deelnemende aanbestedende diensten") een gemotiveerde, onderhandse gunning laten uitvoeren door het IUC-RIVM. Koper handelt namens de Nederlands Forensisch Instituut (NFI). Aanleiding en achtergronden van de inkoopbehoefte: Massively Parallel Sequencing (MPS) wordt al enkele jaren succesvol toegepast voor alle mitochondriële DNA analyses1, maar ook voor onderzoek naar biogeografische herkomst en voor STR sequencing2 van vooral laag geconcentreerde, gedegradeerde en gemengde DNA samples. Dit gebeurt met behulp van twee Illumina MiSeq FGx MPS systemen. Deze onderzoeken worden vooral toegepast wanneer de methoden van de standaard (CE gebaseerde) DNA profielen niet toereikend zijn om een forensische vraagstelling te beantwoorden. Recent zijn er ook nieuwe onderzoeken van het volledige humane DNA uitgevoerd voor het onderscheiden van ééneiige tweelingen en voorbereiding van zoekingen in Genealogische databanken. Deze analyses zijn uitgevoerd in samenwerking met GenomeScan omdat het huidige systeem (de MiSeq FGx) niet de capaciteit heeft voor deze analyses van het volledige humane DNA. Het is de ambitie van het NFI om deze onderzoeken zelf te kunnen uitvoeren. Het aan te schaffen additionele systeem zal resultaten moeten opleveren die vergelijkbaar zijn met de onderzoeken die zijn uitgevoerd in samenwerking met GenomeScan, zodat deze met elkaar vergeleken kunnen worden (database). De verwachting is dat het aantal monsters dat geanalyseerd moet worden in de komende jaren alleen maar zal stijgen, aangezien de aanvragen ook alleen maar stijgen. Het is daardoor moeilijk te voorspellen om hoeveel monsters het uiteindelijk op jaarbasis zal gaan. Scope van de opdracht: Er is sprake van een opdracht tot de gebruiksklare oplevering van één NextSeq1000 systeem voor het Research laboratorium. Momenteel is er op de middellange termijn (1-2) jaar geen behoefte aan vergelijkbare apparaten, hier is dus voor onderhavig traject ook geen rekening mee gehouden. Het doel van het inkooptraject is om een opdracht te verstrekken waarbij er sprake is van een gebruiksklare oplevering en het benodigde onderhoud gedurende de levensduur van 10 jaar (Silver onderhoudscontract). Biologische reagentia vallen niet onder de scope. Het de bedoeling dat deze meegenomen worden in de Biologicals aanbesteding zoals dat nu ook het geval is voor de sequencing kits die gebruikt worden voor de MiSeq systemen waarmee gewerkt wordt. De hoogste kosten zitten in de kits ter voorbereiding van de samples die nu al in de biologicals aanbesteding zijn meegenomen.
Interne identificatiecode : 1442

5.1.1 Doel

Aard van het contract : Leveringen
Aanvullende aard van het contract : Diensten
Belangrijkste classificatie ( cpv ): 38400000 Instrumenten voor het controleren van fysische eigenschappen
Aanvullende classificatie ( cpv ): 50400000 Reparatie en onderhoud van medische en precisie-uitrusting

5.1.2 Plaats van uitvoering

Onderverdeling land (NUTS) : Agglomeratie ’s-Gravenhage ( NL332 )
Land : Nederland
Aanvullende informatie : Zie documentatie

5.1.3 Geraamde duur

Looptijd : 10 Jaar

5.1.4 Verlenging

Maximumaantal verlengingen : 0

5.1.6 Algemene informatie

Aanbestedingsproject dat niet uit EU-fondsen wordt gefinancierd
De aanbesteding valt onder de Overeenkomst inzake overheidsopdrachten (GPA) : ja
Aanvullende informatie : Indien een ondernemer zich tegen de voorgenomen onderhandse gunning en contractering met Illumina Netherlands B.V. wenst te verzetten, dient hij een kortgedingprocedure bij de rechtbank te ’s-Gravenhage aanhangig te maken binnen 20 kalenderdagen na publicatie van deze ex ante aankondiging op straffe van verval van recht de geldigheid en/of uitvoering van deze voorgenomen overeenkomst aan te tasten. Als binnen bovengenoemde termijn, ook wel opschortende termijn genoemd, een kort geding aanhangig is gemaakt, hetgeen moet blijken uit toezending van een kopie van het exploot van dagvaarding, zal de Aanbestedende dienst niet tot gunning en contractering van de opdracht overgaan voordat in kort geding vonnis is gewezen. Bovengenoemde termijn van twintig kalenderdagen is een vervaltermijn. Na het verstrijken van deze termijn kan er geen vernietiging meer worden gevorderd door een ondernemer.

5.1.15 Technieken

Raamovereenkomst :
Geen raamovereenkomst
Informatie over het dynamische aankoopsysteem :
Geen dynamisch aankoopsysteem

5.1.16 Nadere inlichtingen, bemiddeling en evaluatie

Organisatie voor beroepsprocedures : Rechtbank Den Haag
Organisatie die informatie verstrekt over de voorschriften die op de plaats van de verrichtingen gelden inzake belasting : Rechtbank Den Haag
Organisatie die informatie verstrekt over de voorschriften die op de plaats van de verrichtingen gelden inzake milieubescherming : Rechtbank Den Haag
Organisatie die informatie verstrekt over de voorschriften die op de plaats van de verrichtingen gelden inzake de bescherming van de werknemers en inzake arbeidsvoorwaarden : Rechtbank Den Haag
Organisatie die nadere inlichtingen over de aanbestedingsprocedure verstrekt : Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM)
Organisatie die offlinetoegang verleent tot de aanbestedingsstukken : Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM)
Organisatie die meer informatie geeft over beroepsprocedures : Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM)
Organisatie die het contract ondertekent : Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM)

6. Resultaten

Waarde van alle contracten toegekend in deze kennisgeving : 480 Euro
Onderhandse gunning :
Rechtvaardiging voor onderhandse gunning : De opdracht kan alleen door een bepaalde ondernemer worden uitgevoerd wegens het ontbreken van mededinging om technische redenen
Andere rechtvaardiging : Programma van Eisen: Op basis van de onderzoeksopdracht zijn de onderstaande eisen opgesteld, die essentieel zijn voor het uitvoeren van het onderzoek conform de gestelde resultaatvereisten. Hieronder is per eis toegelicht waarom deze noodzakelijk is: 1. Het systeem moet geschikt zijn voor high-quality paired-end MPS sequencing van ten minste 2x300bp readlengte. - Om alle forensisch relevante STRs (inclusief SE33) paired end te sequencen is de read-lengte van 300bp met hoge kwaliteit nodig voor beide reads zodat de kwaliteit met voldoende overlap per molecuul optimaal wordt. 2. Het systeem moet als achtervang kunnen dienen voor analyses uitgevoerd op de resterende MiSeq (vergelijkbare sequentie-methode). - Bij uitval van één van de MPS systemen moeten de libraries van de routine-matige analyses (mtDNA en STR) uitgevoerd kunnen worden op het andere systeem zodat zaken minimaal vertraging hoeven op te lopen. Sequence systemen van sommige andere leveranciers gebruiken andere adapter-sequenties. Zonder extra manipulaties van de libraries zijn deze niet op die systemen te sequencen. Deze manipulaties zou de prijs per sample verdubbelen qua reagentia kosten. Ook zouden er drie keer zoveel manuren nodig zijn, waardoor het niet meer geschikt is voor een routinematige toepassing. 3. Vanwege eenvoudige workflow met minimale hand-on time en goede performance, gebleken uit NFI-validatie, wordt voor een groot deel gewerkt met IDseek RC-PCR kits. Om de volledige meerwaarde van MPS te kunnen gebruiken moet het systeem zonder uitbreiding van het protocol kunnen werken met IDseek libraries. Specifiek gaat dit om de volgende eisen: - Twee IDseek assays (voor mito en voor autosomal STRs) zijn reeds gevalideerd op het NFI. Deze kits hebben een workflow met minder hands-on time dan andere MPS-methoden, bovendien zijn ze extreem gevoelig gebleken. Om alle huidige toepassingen uit te kunnen voeren is het noodzakelijk om deze kits te kunnen gebruiken. 3a. Geschiktheid voor complexe mengsel-analyse door minimale noise: Analysemogelijkheid met een Analytical threshold van 1.5% zonder veel benoemde artefacten is noodzakelijk voor optimale toepassing in mengsels - Mengsel-analyse is een belangrijke toepassing waarvoor MPS wordt ingezet. Een hoger noise niveau veroorzaakt door sequentie-errors zou zorgen dat deze toepassing geen meerwaarde meer levert tov Capillaire Electroforese (CE)3. 3b. Analyse van STRs met een kit waarvan de primers met de klant gedeeld worden - Voor interpretatie van mengsels geven de primer-posities informatie tov evt mutaties onder de primers die kunnen leiden tot balansverschillen tussen donoren. 4. Het systeem moet in staat zijn om alle 29 STRs van de IDseek OmniSTR assay en de volledige Control Region (inc. C-stretch lengtes) te bepalen. - Langere herhalingen van één nt (stretches) en complexe herhalingen van DNA repeats zoals bv. de markers SE33, D7S820, D18S51, PentaD en PentaE kunnen voor sommige MPS technologiën complex zijn om te sequencen. Voor optimale vergelijking met reeds beschikbare MPS profielen is het belangrijk dat al deze markers worden geanalyseerd. 5. Het systeem moet capaciteit hebben om het volledige humaan DNA met tenminste 30x coverage te sequencen. - Zo worden ook de humaan genoom toepassingen mogelijk met een in-house analyse. 6. Het systeem moet uitbreidbaar zijn om de huidige MPS-capaciteit te vergroten, zowel in het aantal samples als in het vereiste aantal sequenties per sample (zoals genoemd in punt 5). - Het aantal aanvragen voor MPS breidt elk jaar uit (mede doordat er meer toepassingen ontwikkeld worden). Markt: Er is een marktverkenning /marktconsultatie uitgevoerd. Hiervoor is de volgende aanpak gebruikt: Internetonderzoek: Er is literatuuronderzoek gedaan naar forensische kits en de validaties voor verschillende systemen. Sequencing-systemen van Illumina en Thermo kwamen naar voren. Door verschillen in 'adapter-sequenties' zijn kits voor het ene systeem niet compatibel met het andere zonder een aanvullende ligatie-stap, wat extra tijd en kosten met zich meebrengt. Thermo levert uitsluitend eigen kits, terwijl voor Illumina kits worden ontwikkeld door meerdere partijen zoals Verogen, Promega, Nimagen en Qiagen. Gesprekken met leverancier IDseek kits: Vertegenwoordigers van Nimagen (leverancier van IDseek kits) hebben bevestigd dat alleen Illumina-systemen compatibel zijn met de adapter-sequenties en indexes van deze kits. Binnen Illumina zijn de MiSeq en NextSeq-systemen (1000/2000) geschikt vanwege hun toereikende read-lengte. Andere MPS-systemen van Thermo zijn niet compatibel door afwijkende technologie en adapter-sequenties. Deze systemen kunnen ook niet dienen als achtervang voor het MiSeq-systeem. De eerder geformuleerde eisen zijn getoetst aan de markt om vast te stellen welke technische oplossingen voldoen. De bevindingen zijn hieronder samengevat. 1. High quality Paired End Sequencing van tenminste 2x 300bp Illumina NextSeq1000: ✓ Illumina MiSeq FGx: ✓ Thermo Ion S5: ✗ (geen 2x 300bp paired-end data bekend van forensische kits) 2. Kan als achtergrond dienen voor resterend MiSeq systeem Illumina NextSeq1000: ✓ Illumina MiSeq FGx: ✓ Thermo Ion S5: ✗ 3. Compatibility met IDseek kits Illumina NextSeq1000: ✓ Illumina MiSeq FGx: ✓ Thermo Ion S5: ✗ 4. Alle STRs van OmniSTR kit en mtDNA Control Region Illumina NextSeq1000: ✓ Illumina MiSeq FGx: ✓ Thermo Ion S5: ✗ (mist 4 markers*) 5. Voldoende capaciteit voor 30x humaan genoom Illumina NextSeq1000: ✓ Illumina MiSeq FGx: ✗ Thermo Ion S5: ✗ 6. Biedt ruimte voor uitbreiden huidige MPS-capaciteit Illumina NextSeq1000: ✓ Illumina MiSeq FGx: ✓ Thermo Ion S5: ✗ *De Thermo MPS kit (Globalfiler v2 NGS) mist van deze set de markers SE33, D9S1122, D17S1301 en D20S482. De Illumina NextSeq1000 is het enige systeem dat in al deze eisen voldoet (de Illumina NextSeq2000 doet dat ook maar ligt ver buiten het beschikbare budget). Er zijn geen andere systemen die een redelijk substituut bieden

6.1 ID resultaat perceel : LOT-0000

6.1.2 Informatie over winnaars

Winnaar :
Officiële naam : Illumina Netherlands B.V.
Inschrijving :
Identificatiecode van de inschrijving : T122932
Identificatiecode van het perceel of de groep percelen : LOT-0000
De inschrijving is gerangschikt : neen
Onderaanneming : Neen
Waarde onderaanneming is bekend : neen
Percentage onderaanneming is bekend : neen
Informatie over het contract :
Identificatiecode van het contract : 1442
Titel : Gebruiksklare oplevering en onderhoud van één NextSeq1000 systeem
Datum waarop de winnaar is gekozen : 14/11/2024
De opdracht wordt gegund in het kader van een raamovereenkomst : neen
Organisatie die het contract ondertekent : Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM)

8. Organisaties

8.1 ORG-0001

Officiële naam : Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM)
Registratienummer : 30276683
Postadres : Antonie van Leeuwenhoeklaan 9
Stad : Bilthoven
Postcode : 3721MA
Onderverdeling land (NUTS) : Utrecht ( NL310 )
Land : Nederland
Contactpunt : Sayed Hosseini
Telefoon : +31634922018
Internetadres : https://www.rivm.nl
Rollen van deze organisatie :
Koper
Aankoopcentrale die voor andere kopers bestemde goederen en/of diensten koopt
Organisatie die nadere inlichtingen over de aanbestedingsprocedure verstrekt
Organisatie die offlinetoegang verleent tot de aanbestedingsstukken
Organisatie die meer informatie geeft over beroepsprocedures
Organisatie die het contract ondertekent

8.1 ORG-0002

Officiële naam : Rechtbank Den Haag
Registratienummer : 82946175
Stad : Den Haag
Land : Nederland
Telefoon : +31 883622200
Rollen van deze organisatie :
Organisatie voor beroepsprocedures
Organisatie die informatie verstrekt over de voorschriften die op de plaats van de verrichtingen gelden inzake belasting
Organisatie die informatie verstrekt over de voorschriften die op de plaats van de verrichtingen gelden inzake milieubescherming
Organisatie die informatie verstrekt over de voorschriften die op de plaats van de verrichtingen gelden inzake de bescherming van de werknemers en inzake arbeidsvoorwaarden

8.1 ORG-0003

Officiële naam : Illumina Netherlands B.V.
Omvang van de ondernemer : Middelgroot
Stad : Eindhoven
Land : Nederland
Telefoon : +31(0) 40-2064500
Rollen van deze organisatie :
Inschrijver
Winnaar van deze percelen : LOT-0000

11. Informatie over een aankondiging

11.1 Informatie over een aankondiging

Identificatiecode/versie van de aankondiging : d91dfeed-496e-4301-a4dd-71ff1010dffc - 01
Type formulier : Vooraankondiging onderhandse gunning
Type aankondiging : Aankondiging in geval van vrijwillige transparantie vooraf
Verzenddatum van de aankondiging : 26/11/2024 11:08 +00:00
Aankondiging datum verzending (eSender) : 26/11/2024 11:12 +00:00
Talen waarin deze aankondiging officieel beschikbaar is : Nederlands

11.2 Informatie over de bekendmaking

Publicatienummer aankondiging : 00723569-2024
Nummer uitgave PB S : 231/2024
Datum van bekendmaking : 27/11/2024